Lascio un link a questa discussione sul forum: Network Manager può ignorare la configurazione di sysctl.conf, almeno in Debian testing (Stretch), se non si sceglie di ignorare IPv6, lasciando che sia gestito dal kernel.
C'è da controllare a questo punto anche altri gestori di rete, o almeno segnalare in questa guida la possibilità che si creino conflitti.
Attendo conferme o smentite, in assenza di risposte aggiungerò almeno un messaggio di avviso tra qualche giorno. EDIT (13:13, 3 dic 2015 (CET)): fatto.
HAL 9000 10:18, 30 nov 2015 (CET)